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Valérie Barbié

Société / Institution

Institut suisse de bioinformatique (SIB)

Position actuelle

Responsable de la Bioinformatique Clinique

Parcours

Valérie Barbié a une formation d'ingénieur en informatique, effectuée en France et aux Etats-Unis. Après quelques années en tant qu'informaticienne au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) en France, elle est entrée dans l'industrie pharmaceutique en tant que bioinformaticienne. Durant 12 années dans cette industrie, elle a travaillé en recherche fondamentale, en développement pré-clinique puis en développement clinique, dans le domaine des biomarqueurs et de la médecine personnalisée. En 2015, Valérie a rejoint l'Institut suisse de bioinformatique où elle est actuellement responsable de la Bioinformatique Clinique, qui vise à harmoniser les pratiques des hôpitaux pour les analyses de données -omiques à but diagnostique, à développer avec ces hôpitaux des outils spécifiques pour ces analyses, ainsi qu'à promouvoir la formation et l'information au grand public.

Centres d’intérêts en lien avec la santé personnalisée

Bioinformatique, séquençage génétique, diagnostic médical.

Projets en cours

Les activités de la Bioinformatique Clinique du SIB sont centrées autour du diagnostic hospitalier, en particulier l'utilisation des données de séquençage génétique haut débit pour le traitement des patients. Dans ce contexte, les projets en cours incluent par exemple :

Groupes de travail suisse pour l'utilisation du séquençage génétique en diagnostic

Le groupe de Bioinformatique Clinique coordonne deux groupes de travail sur l'utilisation du séquençage génétique à haut débit (ou NGS) dans les hôpitaux à des fins de diagnostic. Les membres du groupe travaillent à comparer leurs pratiques d'analyse de ces données, afin d'harmoniser leurs méthodes et de définir des bonnes pratiques communes.

Le premier groupe travaille sur l'utilisation du NGS en oncologie et comprend les institutions suivantes: Hôpital Cantonal d'Aarau, Hôpital Universitaire de Bâle, Université de Bâle, Hôpital Universitaire de Berne, Université de Berne, Hôpitaux Universitaires de Genève, Centre hospitalier universitaire vaudois de Lausanne, Institut de Pathologie de Locarno, Institut de Recherche en Oncologie de Bellinzona, Hôpital Cantonal de Saint Gall, Ecole polytechnique fédérale de Zurich, Hôpital Universitaire de Zurich, Université de Zurich.

Le second groupe s'intéresse à l'utilisation du NGS pour le diagnostic des maladies infectieuses, et est composé de membres issus de:  Université de Bâle, Hôpital Universitaire de Bâle, Université de Berne, Université de Fribourg, Hôpitaux Universitaires de Genève, Université de Genève,  Centre hospitalier universitaire vaudois de Lausanne, Université de Lausanne, Hôpital Cantonal du Valais, Laboratoire Spiez (Institut suisse de protection ABC), Ecole polytechnique fédérale de Zurich, Hôpital Universitaire de Zurich, Université de Zurich.

Swiss Variant Interpretation Platform

Dans la continuité du travail effectué avec le groupe de travail en oncologie, le SIB a développé un projet d'infrastructure nationale de partage de variants génétiques entre les hôpitaux suisses, supporté pour une part par BioMedIT (https://www.sib.swiss/about-us/news/1101-from-infrastructure-planning-to-implementation-biomedit-progresses) et pour une autre part par le Swiss Personalized Health Network (SPHN) (https://www.sib.swiss/about-us/news/1106-outcome-of-sphn-first-project-call-a-focus-on-sib-led-projects).

Le projet est supporté par les institutions suivantes : Médecine Personnalisée Bâle, Hôpital Universitaire de Berne, Université de Berne, Hôpitaux Universitaires de Genève, Centre hospitalier universitaire vaudois de Lausanne, Institut de Pathologie de Locarno, Hôpital Cantonal de Saint Gall, Hôpital Universitaire de Zurich, Société Suisse de Pathologie, Société Suisse de Pathologie Moléculaire.

OncoBenchTM

Depuis 2015, les HUG et le SIB travaillent en partenariat afin de mettre en commun leurs ressources et développer des outils bioinformatiques de pointe d’utilité clinique dans le domaine de la médecine personnalisée. La plateforme OncoBenchTM, développée en collaboration, est ainsi utilisée en routine depuis 2016 pour l'analyses des variants génétiques dans le diagnostic du cancer.

Articles / Publications

Gerritsen VB, Barbié V, Durinx C, Beckmann JS. Bioinformatique et médecine personnalisée : la Suisse pionnière. Rev Med Suisse 2016 ; 12 : 414-6.

Bridging the gap between data science and medicine

Événements

ICPerMed consortium workshop (Juin 2017)

Elargis Tes Horizons (Novembre 2017) (atelier Enquête Métagénomique)

Café de la Science : Notre ADN pris en otage ? Oui, mais non (Novembre 2017)

Certificate of Advanced Studies in Personalized Molecular Oncology (Fall 2018)

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