Au coeur du Health 2030 Genome Center

Au cœur du Health 2030 Genome Center
En plein cœur de Genève, le monde de la génomique s’enrichit d’une nouvelle institution. Le but du Genome Center: soutenir les projets de recherche médicale de grande envergure et l’amélioration du diagnostic. Visite sur place.

8h30, le soleil commence à poindre et les rayons éclairent le bâtiment tout en vitres du Campus Biotech. Au sein de ce grand édifice où cohabitent recherches académiques et technologies innovantes, on compte désormais un nouveau résidant: le Health 2030 Genome Center. Ce nouveau centre fraie son chemin dans le paysage génomique suisse. Il se développe autour de trois axes: une plateforme de séquençage, un centre d’analyse de données génomiques et, prochainement, un pôle de recherche fondamentale et translationnelle.

Machines vrombissantes

Etape obligatoire avant d’entrer dans le laboratoire de séquençage, le sas de décontamination accueille les échantillons d’ADN ou d’ARN. Ces éléments sont envoyés par la structure qui demande l’analyse. «Nous ne serons jamais en contact avec les patients, précise le Dr Keith Harshman, responsable de la plateforme de séquençage. Les institutions nous contactent avec une demande précise et procèdent aux prélèvements.»

Avant toute chose, l’équipe du laboratoire vérifie que les échantillons reçus correspondent aux critères de qualité et de pureté. Ils sont ensuite préparés pour le séquençage. Dans un coin de la pièce, un robot aux lueurs violettes plonge deux rangées de pipettes dans des petites fioles, sous l’œil attentif d’un technicien.

Dans la pièce voisine, de grosses machines vibrent: le séquençage est en cours. A l’intérieur, le génome de patients souffrant du diabète au sein duquel on recherche une variation génétique commune. Sur les écrans des appareils, des valeurs et des graphiques défilent. Des données qui sont ensuite analysées par le second pôle du Genome Center.

Un pétabyte de données

Dans la salle d’analyse, seuls les clics de souris se font entendre. Des experts en bioinformatique planchent sur les données reçues du laboratoire de séquençage. Pour héberger ces données, on s’attend à découvrir une armée de serveurs tournant à plein régime. Pourtant, c’est sur une petite machine que tient la globalité des informations traitées par le Genome Center. Grande comme un panier de courses, elle héberge un pétabyte de données, soit l’équivalent de mille disques durs externes. «Nous ne sommes pas une biobanque, explique le Dr Olivier Menzel, responsable des partenariats stratégies. Ici, une grande partie des données que nous produisons ne sont pas conservées sur le long terme. Ce que nous gardons est toutefois stocké de manière très sécurisée.»

Grâce à un premier traitement des données, des résultats intermédiaires sont livrés aux cliniciens. «En nous déléguant cette étape initiale, les cliniciens se libèrent du temps pour se dédier aux parties intéressantes de l’analyse.

Cela est d’autant plus important qu’avec l’avènement de la médecine personnalisée, le séquençage deviendra la norme, argumente le Pr Emmanouil Dermitzakis, directeur du Genome Center, qui plaide pour un séquençage de toutes et tous dès la naissance.

On réalise que 50% des pathologies des patients hospitalisés sont liées à la génétique. Il est donc primordial d’ajouter les connaissances génomiques à la pratique clinique.» Une adaptation du milieu médical nécessaire selon le directeur, qui cite l’exemple de la prise en charge du cancer: «En comparant l’ADN des cellules tumorales à celui des cellules saines, il suffit de deux semaines pour identifier les mutations critiques. Cela permet une adaptation du traitement rapide pour augmenter les chances de guérison.» Une prise en charge précoce qui permettrait de limiter les coûts de la santé.

Un centre transversal

Pourquoi un tel centre alors que toutes les institutions médicales suisses procèdent déjà à des analyses ADN? «Il manque dans le pays une structure génomique forte et transversale, estime le Pr Emmanouil Dermitzakis, directeur du Genome Center. Les universités et les hôpitaux effectuent des analyses de leur côté, à petite échelle. Ils ne sont pas équipés pour traiter des centaines, voire des milliers d’échantillons.» A terme, le Genome Center espère collaborer avec l’ensemble des acteurs de la santé suisse, en proposant des services de séquençage et d’analyse de grande envergure. Le tout à des prix bas et une vitesse d’exécution optimale.

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