«Les bioinformaticiens cliniques sont des acteurs clés de la médecine personnalisée»

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Aitana Lebrand est bioinformaticienne clinique au SIB, Institut Suisse de Bioinformatique. Le temps d’une pause-café, elle nous raconte en quoi consiste son métier, souvent méconnu du grand public.

«J’aime me trouver au croisement de plusieurs disciplines, confie Aitana Lebrand, bioinformaticienne au SIB, Institut Suisse de Bioinformatique à Genève. Dans mon quotidien, je rencontre des médecins, des biologistes ou des informaticiens. Ensemble, nous essayons de trouver des solutions pour harmoniser les pratiques, développer des nouveaux outils ou répondre aux besoins de formation en bioinformatique clinique.»

Un travail en lien avec le big data

Les données haut débit, ou big data, se trouvent au cœur du travail du bioinformaticien clinique. Ce métier qui, comme l’indique son nom, est à la croisée de la biologie, de la médecine et de l’informatique, consiste à développer des outils d'aide à la décision à partir d'immenses quantités de données biologiques produites par les nouvelles technologies à haut débit. Sans surprise, cette spécialisation a connu un essor important ces dernières années.

Comme il n’existe actuellement pas de formation de base y menant, c’est un peu par hasard qu’Aitana Lebrand en a fait sa spécialité. «Les choses se sont faites naturellement. J’ai commencé par étudier la physique à l’EPFL car je m’intéressais au cosmos. Mais j’ai rapidement été attirée par des sujets plus concrets, comme la biologie ou l’informatique.» Son goût pour ces deux disciplines conduit la jeune femme à réaliser sa thèse dans le cadre du programme doctoral du SIB. Elle passe ensuite trois ans dans un laboratoire expérimental de biologie à l’EPFL, puis se consacre à un projet de recherche à la Haute Ecole d’Ingénierie et de Gestion à Yverdon-les Bains. Elle y effectue les analyses bioinformatiques nécessaires au développement de tests pour les maladies infectieuses des poissons.

Optimiser le séquençage ADN des maladies infectieuses

La bioinformaticienne revient au SIB en 2016, où elle intègre le groupe de Bioinformatique Clinique en tant que cheffe de projet. «Mon objectif consiste à optimiser les méthodes de séquençage génétique pour les maladies infectieuses.

L’idée à terme serait qu’un médecin puisse diagnostiquer une bactérie ou un virus à l’aide d’un seul prélèvement.

Cela permettrait un diagnostic plus rapide ainsi qu’un meilleur ciblage des traitements. Mais pour commencer, nous devons harmoniser les pratiques entre les hôpitaux universitaires suisses.» Pour ce faire, Aitana Lebrand rencontre régulièrement des spécialistes de différents hôpitaux et institutions. Elle organise actuellement des tests comparatifs entre laboratoires et analyse les différences entre les résultats obtenus, avec le support d’autres experts. «Comme chaque hôpital utilise des méthodes d’analyse bioinformatiques différentes, les résultats sont susceptibles de varier sensiblement. Nous aimerions à la fois identifier les méthodes les plus adaptées et harmoniser les pratiques. Et à l’avenir, contribuer à faire entrer le séquençage ADN dans la routine pour la détection des maladies infectieuses, dans l’idée des analyses génétiques qui se font déjà pour les tumeurs cancéreuses.»

Si Aitana Lebrand est convaincue que la médecine personnalisée pourra faire progresser de nombreux domaines, elle a conscience aussi des enjeux qui sous-tendent cette évolution. «Comme tout le monde, je crains pour la sécurité de mes données et leur éventuelle utilisation par les assureurs ou les entreprises privées. Car il faut être transparent et admettre qu’au niveau de la sécurité des données, le risque zéro n’existe pas. La législation doit donc prendre en compte des réflexions éthiques et accompagner ces développements afin de protéger les données des patients.» La jeune femme considère qu’il est aussi primordial d’expliquer les limites des modèles bioinformatiques: «Aussi efficaces qu’ils soient, ils ne représentent que des outils d'aide à la décision qui devront toujours être interprétés par un médecin. En ce sens, je considère que les bioinformaticiens cliniques sont des acteurs clés de la médecine personnalisée».

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