Oncologie: le big data suisse pour améliorer la prise en charge des patients

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Le CHUV pilotera un des projets «Driver» choisis par le Swiss Personalized Health Network. Son objectif: coupler big data et intelligence artificielle pour affiner les choix de traitements anti-cancéreux.

2,3 millions de francs. C’est la somme allouée en décembre 2017 par le Swiss Personalized Health Network (SPHN) au projet SPOD qui rassemble plusieurs partenaires*, et est piloté par le CHUV. Pour sa première distribution de fonds, le SPHN a réparti une enveloppe globale de 15,7 millions de francs entre quinze projets visant tous à promouvoir la médecine personnalisée. Le projet SPOD (Swiss Personalized Oncology Driver), mené par le Pr Olivier Michielin, associera big data et intelligence artificielle. Il vise à améliorer la prescription des immunothérapies en comprenant quel patient pourra bénéficier de quel traitement, et dans quelles conditions.

Qualité des soins

Des traitements d’immunothérapie de dernière génération ont littéralement révolutionné l’oncologie clinique en quelques années, améliorant significativement la survie dans des cancers (poumons, vessie, mélanome…) jusqu’ici particulièrement agressifs. Mais les nombreux essais cliniques menés sur ces immunothérapies l’ont aussi bien montré: seule une fraction des patients traités répond à ces anti-corps. Pourquoi? La recherche s’attelle à l’expliquer, mais en attendant de comprendre les mécanismes à l’œuvre, il est urgent de pouvoir mieux orienter les patients dans leur parcours de soin. «Il en va de la qualité de la prise en charge du patient, pour qui il est primordial de ne pas perdre de temps avec une option thérapeutique qui n’est pas optimale», souligne le Pr Olivier Michielin, leader du projet et médecin-chef de l’Oncologie Personnalisée Analytique du CHUV. Rationaliser les protocoles et mieux cibler les patients «répondeurs», permettrait également de réduire les coûts, très élevés, liés à ces traitements.

Fédérer les centres

Une des clés pour comprendre comment mieux administrer ces immunothérapies pourrait se trouver dans les millions de données produites au cours de la trajectoire des patients. Chaque jour, en Suisse, ils sont en effet des dizaines à recevoir un de ces traitements. Collecter et analyser ces données apportera des éléments clés aux oncologues. «La première étape consistera à parvenir à standardiser ces données, d’origines variées, précise Olivier Michielin. Cela demandera un effort à chaque centre de soins, mais nous sommes très confiants, car ce projet qui vise à fédérer toute la Suisse est le fruit d’une réelle volonté commune.» Si les hôpitaux universitaires de Genève, Lausanne et Berne sont déjà partie prenante du projet SPOD, tous les centres suisses d’oncologie clinique intéressés vont aussi y participer: «C’est très important car, contrairement à ce que l’on peut penser, la majeure partie des patients sont traités en dehors des centres hospitaliers universitaires», ajouter le Pr Michielin.

Pas de boîte noire

Collecter une masse aussi importante de données nécessite d’organiser leur stockage et leur sécurisation. Des tâches sensibles pour lesquelles l’équipe du Pr Jean-Pierre Hubeaux, spécialiste du domaine à l’EPFL, et le Swiss data science center (SDSC) notamment apporteront leurs compétences. Quid des algorithmes chargés de manipuler ces données pour en extraire les précieuses informations espérées? «Nous allons les développer nous-mêmes!», répond du tac au tac le Pr Michielin. Oncologue réputé, le médecin est également physicien, et les algorithmes ne sont pas une nouveauté pour lui: il jouit d’une expérience d’une quinzaine d’années dans le domaine. Une réelle valeur ajoutée pour le projet: «Fréquemment, il y a une discontinuité entre les acteurs qui produisent des données et, à l’autre bout de la chaîne, ceux qui les analysent. Cela peut mener à récolter des données qui ne sont pas optimales ou à les analyser d’une manière biaisée. Là nous serons présents tout au long de la chaîne: du lit du patient à la création des algorithmes.»

Pas de «boîte noire» donc dans le projet SPOD, comme cela est parfois le cas avec l’utilisation d’algorithmes dans l’aide au diagnostic. «Entrer des données et attendre que l’algorithme apporte sa réponse, sans savoir ni pourquoi ni comment, n’est pas satisfaisant. Si nous voulons retirer tous les bénéfices de ces nouvelles technologies, il est fondamental de développer une distance critique», estime Olivier Michielin. Ne serait-il donc pas prêt à confier ses patients à Watson, l’IA développée par IBM et qui semble si douée? «Je serais très intéressé de pouvoir évaluer Watson dans ce genre de situation… mais pour m’aider, sûrement pas pour décider à ma place!» tranche en souriant l’oncologue.

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* Le projet SPOD est un consortium rassemblant le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG), l’Inselspital de Berne ainsi que l’Université de Genève, l’EPFL, la HES-SO, le SIB et le Groupe de recherche clinique sur le cancer (SAKK).

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